Paddington au Pérou ramène l’histoire de Paddington au Pérou alors que lui et les Brown rendent visite à sa tante bien-aimée Lucy. Une aventure palpitante s’ensuit lorsqu’un mystère les entraîne dans un voyage inattendu à travers l’Amazonie et au-delà. Paul King, le réalisateur des deux films précédents, a décidé de ne pas réaliser ce volet. Cependant, il a eu l’idée et a rejoint le scénario de ce troisième film.